Kostel je zapsaná kulturní památka a je po státním zámku druhou nejstarší historickou památkou v Zákupech. 

Ve středověku byl na místě dnešního chrámu zřejmě postaven malý gotický kostel, písemné zprávy o jeho vzniku se bohužel nedochovaly. Přesné datování je spojené až s rozsáhlou přestavbou v letech 1550-1562, kterou zahájil majitel panství Zdislav Berka z Dubé a dokončil jeho synovec Zbyněk Berka z Dubé. Protože kostel byl nadační, všichni majitelé panství pokládali za čest starat se o dobrý stav svatostánku. Renovace a úpravy byly také prováděné v  letech 1693-1726 na náklady tehdejší patronky kostela Anny Marie Františky Toskánské. Další přestavba kostela proběhla v r. 1863 zásluhou excísaře Ferdinanda V. Habsburského a jeho manželky, kteří přestavbu z  velké častí financovali. Chrám získal nynější novogotickou podobu.

V kryptách kostela odpočívají členové rodiny Berků z Dubé a velkovévodkyně Anna Marie Františka z Toskány s prvním manželem a dcerou. Tato šlechtična dovezla z Říma přímo od svatého otce největší vzácnost kostela – relikviář s ostatky svatého Felixe, římského prvomučedníka, který je v kostele rovněž k vidění.

Dne 10. května 2025 byl do kostela zavěšen nový lustr s názvem SLOVO A SVĚTLO.

Vstupné: dobrovolné

Římskokatolická farnost děkanství Zákupy zve na komentované prohlídky děkanského kostela svatých Fabiána a Šebestiána v Zákupech v době od

května 2025 do konce září 2025 každou sobotu a neděli od 14,00 16,00 hodin, také o státních svátcích.

V případě zájmu lze domluvit i jiný termín a čas.

Kontakt: +420 777 553 304